Die Geschichte spielt in der Zukunft, nachdem neunzig Prozent der Menschheit durch die Invasion außerirdischer Invasoren zerstört wurden. Die Überlebenden leben in Notunterkünften, in denen ihr Leben überwacht und die Erinnerungen an die Invasion gelöscht werden. Drei Teenager aus dem Tierheim wurden ausgewählt, um drei Robotermaschinen zu steuern, die zusammen den Musashi-Roboter bilden hergestellt aus einem Material namens Megatroniumlegierung. Jeder der Piloten der Robotermaschine ist jedoch einer unvorstellbaren Bedrohung ausgesetzt.